醫療上使用的短波頻率被限定在13.56 MHz正負6.78Hz、27.12MHz正負160Hz和40.68MHz正負20kHz等三個頻帶，但是在市面上較為普遍的短波治療儀器大部分 使用27.12MHz這個頻率，因為製作的成本最為低廉而技術也較為容易。臨床上短波用來止痛與消腫、促進組織愈合與神經生長以及軟化孿縮的組織。
短波藉由兩種方式將能量傳入體內：
1. 誘導式：使用誘導式方法的設備為電纜線圈或電鼓。電纜線圈使用時先在肢體用毛巾或橡膠墊包覆一層，再將纜線圍繞在肢體上，此時纜線的形狀就如同一個螺線管，當電流通過時會有一個單一方向的磁場產生，當電流反向流過時會產生一個反向的磁場﹔電流以27.12MHz的頻率流過線圈時，就產生以27.12MHz的頻率交替變化的磁場，組織的移動中帶電粒子受到交替變化磁場的作用使行進方向不停改變形成感應電流，並且粒子間造成摩擦因而發熱。電鼓則把線圈做在絕緣物製成的鼓內，治療時將電鼓對準治療部位即可﹔這也是為何電鼓只有一個而不是一對的原因。
因為體內的電流是由線圈製造的磁場所誘導出來，體內可移動帶電粒子愈多以及愈靠近線圈的組織會愈熱，所以使用線圈時肌肉及富含液體的部位如關節囊內會有較多的熱產生，而脂肪骨骼的熱較少。金屬帶有大量自由電子，也會產生大量的熱，因此體內有金屬內固定、人工關節時都不能使用短波。
2. 電容式：電容式設備是外包絕緣物的兩片金屬板，當通電時兩個相對的金屬板間形成一個平行板電場，電流反向時形成一個反向的電場，帶電粒子在這個交替電場間來回震盪因而摩擦生熱。基於這個原理，電場愈強，也就是愈靠近金屬板的組織會愈熱，兩金屬板中間電場最弱，生熱較少﹔因此使用電容式設備會使得較表面的皮膚與脂肪發熱較多，深部的肌肉與骨骼生熱較少。
短波的副作用部份來自於熱效應，因此我們可以將機器從連續輸出調成脈衝式輸出，也就是一段時間有輸出一段時間暫停的方式。使得身體接受到能量但能量又不足以使組織發熱。雖然一樣能達成某些療效但生理上的作用機轉並不清楚，一般認為是因為增加了微血管的血流與改進了細胞膜功能與活性。
禁忌症
除了一般熱療的禁忌症之外，短波還有一些禁忌症要考量。
1. 體內不可有金屬植入物，如金屬骨板、人工關節。金屬會在體內產生高熱燙傷周圍的組織。也不可有心率調節器，心率調節器會作用不正常而致命。
2. 避開眼球與陰囊等富含水分的位置、有惡性腫瘤的區域以及小孩與青少年正在生長的骨骼生長板部位。
3. 不要使用在孕婦身上。
使用方法
1. 依據想要治療的部位選擇使用。
2. 仔細評估是否有使用上的禁忌症。銅製子宮內避孕器經過研究溫度會略為升高，但應該可以使用。
3. 去除治療部位的衣物以及治療區域附近所有的金屬物品，包括髮夾耳環項鍊鑰匙零錢提款卡手錶等，太靠近短波設備時都有可能發高熱燙人﹔行動電話與呼叫器有可能受影響，最好關閉後拿走。如果治療部位附近有水分流汗或被與淋濕等也會造成熱的積聚，應先擦乾再做治療。
4. 使被治療者處在一個舒適而便於治療的位置。
5. 將強度打開，各種機形的強度都不同，一般是以全輸出功率的百分比來表示，連續輸出時一般治療時間為20分鐘，脈衝式輸出時治療時間、治療強度與脈衝頻率 (每秒輸出幾次)多半依據廠商的說明書設定。
6. 治療5分鐘後應檢視治療部位是否過熱，並調整強度或設備的位置，讓治療部位覺得溫溫的即可。治療結束後治療部位稍微發紅以及有溫熱感是正常的情形。
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